大型微波殺菌設備性能：常規熱力殺菌是通過熱傳導，對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部，要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與非熱效應共同作用，達到快速升溫殺菌目的，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。
大型微波殺菌設備原理：殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應共同作用的結果。物料中的蟲卵和細胞也會因分子極化馳豫，同時吸收微波升溫，微波對細胞的熱效應使蛋白質變性而死亡；微波對細胞的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細胞因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。
此外，決定細胞正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲型大分子，足夠強的微波可以導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變或染色體畸變。 生物效應在殺菌中起到了常規物理殺菌所沒有的特殊作用。
