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廢水中的殘留抗生素和高濃度有機物使傳統生物處理法很難達到預期的處理效果，因殘留抗生素對微生物的強烈抑制作用使好氧菌中毒，造成好氧處理困難；而厭氧處理高濃度的有機物又難以滿足出水達標，還需進一步處理。 
發酵類制藥廢水污染物濃度高、水量大，廢水中所含成份主要為發酵殘余物、破乳劑和殘留抗生素及其降解物，還有抗生素提取過程中殘留的各種有機溶劑和一些無機鹽類等。 

廢水帶有較重的顏色和氣昧，懸浮物含量高，易產生泡沫，含有難降解物質和有抑菌作用的抗生素，并且有毒性等。 
化學制藥廢水可分為高濃度工藝廢水、中低濃度生產廢水和生活污水等。高濃度工藝廢水一般含有較高濃度的無機鹽以及其他抑制生物生長的物質。 
中藥生產廢水主要來自生產車間，主要為生產過程中的原藥洗滌水,原藥藥汁殘液、過濾、蒸餾、萃取等單元操作中產生的污水、生產設備洗滌和地板沖洗用水。污染物主要是從藥材中煎出的各種成分,主要成分為:糖類、蕙醒、木質素、生物堿、蛋白質、色素及它們的水解產物。 

制藥工業廢水通常屬于較難處理的高濃度有機廢水，因制藥產品不同，生產工藝不同而差異較大。制藥工業廢水通常具有組成復雜、有機污染物種類多、COD值和BOD5值高且波動性大、pH值經常變化、帶有顏色和氣味、懸浮物含量高、易產生泡沫、含有難降解物質和有抑菌作用的抗生素，并且有毒性等特點。